Kolese Gonzaga dan Seminari Menengah Wacana Bhakti adalah dua unit karya yang berbeda tetapi bertalian satu sama lain. Keduanya merupakan kesatuan yang tidak terpisahkan di dalam satu lembaga pendidikan yakni Badan Seminari Wacana Bhakti. Seminari Menengah Wacana Bhakti menampung dan mendidik para calon imam di tingkat menengah. Di kelas X, XI dan XII para seminaris mengikuti pendidikan di Kolese Gonzaga.

Pada awalnya direncanakan sebuah Seminari Menengah di Keuskupan Agung Jakarta, namun kemudian dipikirkan bahwa mendirikan seminari menjadi terlalu mahal biaya operasionalnya. Sebuah Kolese akhirnya didirikan bersamaan dan berdampingan dengan seminari di atas tanah seluas 2,8 hektar di wilayah Pejaten Barat ini. Semula tanah ini adalah tanah milik Mgr. A. Djajaseputra, S.J. (Alm). Oleh Pengganti Mgr. Djajaseputra S.J., dibentuklah sebuah panitia kecil untuk pembangunan kompleks Seminari dan Sekolah. Pengajuan izin untuk mendirikan bangunan sudah dimulai sejak tahun 1978, namun baru lima tahun kemudian izin keluar. Maka mulai saat itu panitia kecil yang ditunjuk terus bekerja keras, menghimpun dana, dan mengadakan studi-studi untuk merencanakan pembangunannya.Tidak lebih dari dua tahun (1986 – 1987), seluruh kompleks Seminari yang dirancang oleh Ir Wanda Basuki ini selesai dikerjakan. Tahun1987/1988 mulai dilaksanakanproses pembelajaran angkatan I, dengan nama SMA Kanisius Unit Selatan. Tanggal 3 November 1988 merupakan hari bersejarah bagi Kolese Gonzaga karena pada hari itu sekolah diresmikan oleh Mgr. Leo Soekoto S.J. bersama dengan Bapak Mochtar Zakaria, Wali Kota Jakarta Selatan.

Berkat kerja keras P. J. Drost, S.J., Kepala Sekolah yang sekaligus Rektor pertama bersama seluruh staff pengajar dan karyawan, pada tahun ajaran ke empat tepatnya pada tanggal 9 Januari 1991, Kolese Gonzaga mendapatkan status disamakan dari Pemerintah. Semenjak itu upaya-upaya pengembangan pendidikan di Kolese Gonzaga dan Seminari Wacana Bhakti ini terus ditingkatkan. Mulai tahun 1990, untuk memberikan nuansa pergaulan para remaja yang wajar baik bagi para seminaris maupun para siswa Kolese Gonzaga pada umumnya, mulailah Kolese Gonzaga menerima putri. Bagi para seminaris sendiri diharapkan agar sejak dalam proses pendidikan awal tidak menjadi canggung bertegur sapa dengan kaum wanita. Apabila dalam medan pelayanan imamat kelak merekapun mesti berhadapan dengan keduanya secara wajar. Bagi para siswapun diharapkan agar sejak awal mereka dapat mengalami pergaulan yang wajar. Di bawah kepemimpinan P. R. Murtrisunu Wisnumurti, S.J. (1991-1993) Br. Budiharjo S. J. (1993 – 2000), dan P.J. Heru Hendarto, S.J. (2000-sekarang) berbagai pengembangan dan penataan fisik dilaksanakan.

Ruang-ruang laboratorium yang dirasakan kurang memadai diadakan dengan menggeser R. ganti siswa/i & R. Guru, sehingga sekarang telah disediakan ruang praktikum Fisika, Kimia dan Biologi. Keasrian taman pun tak luput dari perhatian sehingga Kolese Gonzaga menjadi kompleks yang sejuk demi pengembangan proses belajar mengajar di sekolah. Ruang perpustakaan yang semula tanpa pendingin telah bisa dinikmati sebagai ruang yang sejuk ber – AC sehingga nyaman untuk membaca. Akhirnya Sport Hall Kolese Gonzaga juga diperluas, sehingga menjadi sangat memadai sebagai tempat olah raga indoor untuk basket,bola volley, Tennis dan 3 lapangan bulu tangkis ditambah tribun. Juga penambahan fasilitas Lab. Komputer satu siswa satu komputer dan Lab. bahasa yang sangat memadai termasuk R. AVI maupun R. Seni (R.Teater dan Tari).

Lewat proses refleksi atas pengalaman bersama memasuki lustrum ke dua, pada tahun 1995 dirumuskan visi-misi pendidikan Kolese Gonzaga dan Seminari Menengah Wacana Bhakti, yakni : “membentuk pemimpin masa depan yang memiliki keunggulan, kompetensi, tanggung jawab, sikap terbuka dan daya integratif dengan semangat pelayanan dan kepedulian”. Proses belajar mengajar di Kolese Gonzaga bertujuan untuk memberikan dasar yang kokoh bagi pertumbuhan mental, kepribadian, kemampuan intelektual dan keterampilan para siswa serta rasa tanggung jawab sosial yang nyata, maka dapat dikatakan bahwa tujuan pendidikan di Kolese Gonzaga adalah : pembentukan pribadi seutuhnya yang mengutamakan hidup, mengembangkan nurani yang diterangi oleh iman untuk melayani sesama berdasarkan kasih serta kompetensi ilmu pengetahuan dan keterampilan yang diperolehnya.